Im Verlauf des Prozesses wurden Arbeitsgruppen eingerichtet, die sich speziell mit einzelnen Bereichen aus der Stadtentwicklung beschäftigten. Deren Aufgabe war es, den Sachverhalt aus jedem Detailthema zu beleuchten, die Defizite und Chancen zu benennen sowie Entwicklungsstrategien vor dem Hintergrund der gewählten Leitbilder abzuleiten. Sie formulierten die Ziele vor und entwickelten Ideen für konkrete Projekte, die im Agendaprozess wieder bürgerschaftliches Engagement ermöglichen.
Die Arbeitsgruppen setzten sich aus Mitgliedern und VertreterInnen der Steuerungsgruppe, aus Vertretern der Fachämter sowie aus interessierten BürgerInnen zusammen, die sich im Verlauf des Prozesses gemeldet haben und integriert werden konnten. Geleitet wurden die Arbeitsgruppen von der Moderation des Gesamtprozesses und zusätzlich wurde ein Gruppensprecher gewählt, der die Ergebnisse in die Steuerungsgruppe und in die Bürgerinformationen einbrachte.
Folgende vier Arbeitsgruppen wurden zu den Zielbereichen eingerichtet, die sich jeweils insgesamt 2 bis 3 mal trafen: